原則的に帳簿等の記帳資料およびその証憑は、課税過程において保管期間が定められています。この保管義務が発生するのは、帳簿管理義務のある納税者ならびに所得税法第4条3項の定める、現金主義で費用収益認識する事業者などです。
保管が義務付けられているのは紙ベースの資料、そして現法に則った電子データです。
電子ベースで資料を保管している場合、税務当局は監査の際このデータにアクセスし、内容を閲覧する権利があります。
税務当局の最新の見解では、電子ベースの書類、たとえば請求書、契約書、納品書などは、受領したフォーマット（たとえばPDFや写真など）の変更をせずに保管しなくてはならず、これらのデータは保管期間が終わるまで消去することはできません。ただし、税務監査の際PCでの作業上支障がなければ、他のフォーマットへ変更することも許可されています。もちろんその際書類の内容の変更はできません。自社で作成した書類、たとえば販売請求書などにおいても同様です。
紙ベースの書類がスキャンされて電子ベースに変換される場合には、会計プロセスの文書化（Verfahrensdokumentation/procedural document）を行わなければなりません。 このプロセスの文書化は、商法及び租税通則に基づいて帳簿管理が行われており、電子データが原本と合致し、データの読みやすさや経理書類の必要事項が明記されていることを証明するために行います。
税務当局は基本的に、経理書類の電子ベース変換後原本の廃棄を認めていますが、書類の証明性を確保するため、原本を廃棄せず引き続き保管したほうがよいと指摘しています。
